最初使用藤原氏的是飞鸟时代的中臣镰足，他因大化改新之功被天智天皇赐给藤原的氏，而中臣氏传说是日本神话中的神明天児屋命的后代，故藤原氏也被认为是神明后裔。
奈良时代开始，藤原氏分为南家、北家、式家和京家四个分支，其中藤原北家在平安时代与皇室长期通婚，并以外戚身份长期执政，被称为“摄关政治”。
镰仓时代后，在公文以外的场合，藤原氏各分支开始以家名为姓，这些家名包括近卫、鹰司、九条、一条、二条等，将这些计算在内的话，藤原氏在日本朝廷官员中的比例是压倒性的。
到了江户时代，拥有就任大臣资格的17家上位公卿中有14家是藤原氏的分支，具有议政资格的137家堂上家中有96家是藤原氏的分支，而以德川家为首的武家也大多是源氏（皇族）、平氏（皇族）和藤原氏的分支。
随着藤原氏的发展和扩张，日本全国各地都出现了自称是藤原氏后裔的家族，形成了佐藤、斋藤、加藤、伊藤、后藤、武藤、近藤、安藤、尾藤、远藤等姓氏，但其中很多都是冒名攀附。
明治维新中平民普及姓氏时，大多是将祖先流传下来的姓氏登记在户籍上；而贵族藤原氏各分支自镰仓时代后就在公文以外的场合以家名代替藤原或藤原朝臣的姓氏，明治维新时也大多将各自的家名作为姓氏登记。因此，现代的藤原氏大多实际上只是祖先与贵族藤原氏是亲属或存在某些关系的情况。
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